Nová zbraň pro diagnostiku tuberkulózy a detekce rezistence na léčivo: nová generace cílená sekvenování (TNG) kombinovaná se strojovým učením pro diagnostiku přecitlivělosti na tuberkulózu
Zpráva o literatuře: CCA: Diagnostický model založený na TNG a strojovém učení, který je vhodný pro lidi s menší bakteriální tuberkulózou a tuberkullou meningitidou.
Název práce: Tuberculous-cílená sekvenování a strojové učení nové generace: Ultra citlivá diagnostická strategie pro plicní trubky a tubulární meningitida.
Periodikum: 《Clinica Chimica Acta》
Pokud ： 6.5
Datum zveřejnění: leden 2024
V kombinaci s University of Chinese Academy of Sciences a Pekingská hrudní nemocnice na kapitálové lékařské univerzitě, Macro & Micro-test založil model diagnostiky tuberkulózy založený na nové generaci technologie cíleného sekvenování (TNGS) a metodě strojového učení, která poskytovala ultra vysokou vysokou vysokou vysokou vysokou Detekční citlivost na tuberkulózu s několika bakteriemi a tuberkulózní meningitidou poskytla novou metodu diagnostiky přecitlivělosti pro klinickou diagnózu dvou typů Tuberkulóza a pomohla přesné diagnóze, detekci rezistence na léčivo a léčbu tuberkulózy. Současně se zjistí, že plazmatická cfDNA pacienta může být použita jako vhodný typ vzorku pro klinický odběr vzorků v diagnostice TBM.
V této studii bylo k vytvoření dvou klinických kohort použito 227 vzorků plazmy a vzorky mozkomíšního moku, ve kterých byly pro stanovení modelu strojového učení diagnózy použity laboratorní diagnostické kohortové vzorky a vzorky klinického diagnostiky byly použity pro ověření zavedeného zavedeného zavedeného zavedeného zavedeného zavedeného zavedené Diagnostický model. Všechny vzorky byly nejprve zacíleny speciálně navrženou cílovou fond pro zachycení sondy pro mycobacterium tuberkulózu. Poté se na základě sekvenčních dat TB-TNGS používá model rozhodovacího stromu k provádění pětinásobné křížové validace na tréninkové a validační sadách laboratorní diagnostické fronty a jsou získány diagnostické prahové hodnoty vzorků plazmy a vzorků mozkomíšního moku. Získaná prahová hodnota je uvedena do dvou testovacích sad fronty klinické diagnostiky pro detekci a diagnostický výkon žáka je hodnocen ROC křivkou. Nakonec byl získán diagnostický model tuberkulózy.
Obr. 1 Schematický diagram návrhu výzkumu
Výsledky: Podle specifických prahů vzorku CSF DNA (AUC = 0,974) a vzoru plazmy CFDNA (AUC = 0,908) stanovené v této studii, mezi 227 vzorky byla citlivost vzorku CSF 97,01%, byla specifičnost 95,65%a a a Citlivost a specificita vzorku plazmy byla 82,61% a 86,36%. Při analýze 44 párových vzorků plazmatické cfDNA a mozkomíšního moku DNA od pacientů s TBM má diagnostická strategie této studie vysokou konzistenci 90,91% (40/44) v plazmatické CFDNA a mozkové kapalině DNA a senzitivita je 95,45% (42/44). U dětí s plicní tuberkulózou je diagnostická strategie této studie citlivější na vzorky plazmy než výsledky detekce XPERT vzorků žaludeční šťávy od stejných pacientů (28,57% vs. 15,38%).
Obr. 2 Analýza Výkon modelu diagnostiky tuberkulózy pro vzorky populace
Obr. 3 Diagnostické výsledky párových vzorků
Závěr: V této studii byla stanovena hypersenzitivní diagnostická metoda pro tuberkulózu, která může poskytnout diagnostický nástroj s nejvyšší citlivostí na detekci pro klinickou pacientů s oligobacilární tuberkulózou (negativní kultura). Detekce hypersenzitivní tuberkulózy založená na plazmatické cfDNA může být vhodným typem vzorku pro diagnózu aktivní tuberkulózy a tuberkulózní meningitidy (vzorky plazmy se snadněji shromažďují než mozková mozková tekutina u pacientů podezřelých z tuberkulózy mozku).
Původní odkaz: https://www.scientientirect.com/science/article/pii/s0009898123004990? Via%3DiHub
Stručné zavedení produktů pro detekci série makro a mikro-test
S ohledem na komplikovanou situaci vzorku pacientů s tuberkulózou a různých potřebách poskytuje makro a mikro-test kompletní sadu řešení NGS pro extrakci zkapalnění ze vzorků sputa, konstrukci a sekvenování knihovny Qualcomm a analýzu dat. Produkty pokrývají rychlou diagnózu pacientů s tuberkulózou, detekci rezistence na léčivo tuberkulózu, psaní tuberkulózy Mycobacterium a NTM, hypersenzitivní diagnostiku bakterií negativní tuberkulózy a tuberkulózních lidí atd. Atd. Atd. Atd. Atd. Atd. Atd. Atd.
Sériové detekční soupravy pro tuberkulózu a mykobakterie:
| Položka č | Název produktu | Obsah testování produktů | typ vzorku | použitelný model |
| HWTS-3012 | Agent uvolnění vzorku | Používá se při léčbě zkapalnění vzorků sputa, získala prvotřídní rekordní číslo, Sutong Machinery Equipment 20230047. | sputum | |
| HWTS-NGS-P00021 | Sada pro detekci množství Qualcomm pro hypersenzitivní tuberkulózu (metoda snímání sondy) | Neinvazivní (kapalná biopsie) detekce hypersenzitivity pro bakterie negativní plicní tuberkulóza a uzly mozku; Vzorky lidí, kteří byli podezřelí, že jsou infikováni tuberkulózou nebo ne-tuberkulózou mykobakterie, byly analyzovány vysoce hloubkovým sekvenčním metagenomikem a detekční informace o tom, zda byla tuberkulóza nebo ne-tuberkulóza mykobakterie infikována mykobakterie s první linií mykobakerium na mykobakeriu na mécobakeriu na tuberkulóze nebo ne-tuberkulóza mykobakterie. byly poskytnuty. | Periferní krev, alveolární výplachová tekutina, hydrothorax a ascity, vzorek propíchnutí, mozkomíšní mok. | Druhá generace |
| HWTS-NGS-T001 | Mycobacterium psaní a detekce detekce léčiva (multiplexní amplifikační sekvenování) | Test psaní Mycobacterium, včetně MTBC a 187 NTM„Detekce rezistence na léčiva u Mycobacterium tuberkulózy pokrývá 13 léků a 16 jádrových mutačních míst genů rezistence na léčivo. | Sputa, alveolární výplachová tekutina, hydrothorax a ascites, zaostřovací vzorek vpichu, mozkomíšní mok. | Duální platforma druhé/třetí generace |
Nejdůležitější: HWTS-NGS-T001 Mycobacterium Typing a Detekce detekce rezistence na léčiva (multiplexní amplifikační metoda)
Úvod produktu
Produkt je založen na hlavních lécích první a druhé linie popsané v pokynech pro léčbu TB WHO, makrolides a aminoglykosidy běžně používaných v pokynech pro léčbu NTM a místa rezistence na léčiva pokrývají všechny jedné skupiny rezistence na rezistenci na drogy v WHO Mycobacterium tuberculosis Complex Complex Mutation Catalog, jakož i další hlášené geny a mutační místa rezistence na léčiva podle vyšetřování a statistiky vysokého skóre Literatury doma i v zahraničí.
Identifikace psaní je založena na kmenech NTM shrnutých v pokynech NTM zveřejněných čínským časopisem tuberkulózy a respiračních chorob a konsenzu odborníků. Navržené typické primery mohou amplifikovat, sekvenci a anotovat více než 190 druhů NTM.
Prostřednictvím cílené multiplexní amplifikační technologie PCR byly genotypické geny a geny rezistentní na léčivo amplifikovány multiplexovou PCR a byla získána amplikonová kombinace cílových genů, které mají být detekovány. Amplifikované produkty mohou být konstruovány do vysoce výkonných sekvenčních knihoven druhé generace nebo třetí generace a sekvenční platformy druhé generace a třetí generace mohou být podrobeny vysoce hloubkovému sekvenování, aby se získaly informace o sekvenci cílových genů. Porovnáním se známými mutacemi obsaženými ve vestavěné referenční databázi (včetně mutalogu mutací komplexu WHO mycobacterium tuberculosis a jeho vztahu s rezistencí na léčivo) byly stanoveny mutace související s rezistencí na léčivo nebo citlivost léků proti tuberkulóze. V kombinaci s roztokem ošetření vzorku sputum sputum makro a testu mikro-testu byl vyřešen problém s nízkou účinností amplifikace nukleových kyselin u vzorků klinického sputa (desetkrát vyšší než u tradičních metod), takže může být detekce sekvenování léčiva pro odolnost proti léčivu, takže může být detekce sekvenování léčiva pro sekvenování léčiva, takže detekce sekvenování léčiva může být Přímo aplikované na vzorky klinického sputa.
Rozsah detekce produktu
34Geny související s rezistencí na léčivo18léky proti tuberkulóze a6Byly detekovány léky NTM, pokrývající297místa rezistence na drogy; Deset druhů mycobacterium tuberkulózy a více než190Byly detekovány druhy NTM.
Tabulka 1: Informace z 18+6 léků+190+NTM
Výhoda produktu
Silná klinická adaptabilita: Vzorky sputa mohou být přímo detekovány pomocí samostatného činidla bez kultury.
Experimentální operace je jednoduchá: První kolo amplifikační operace je jednoduché a konstrukce knihovny je dokončena za 3 hodiny, což zlepšuje efektivitu práce.
Komplexní psaní a rezistence na léčivo: Pokrytí míst pro psaní a rezistenci na léčivo MTB a NTM, což jsou klíčovými body klinického zájmu, přesné psaní a detekce rezistence na léčivo, podporuje nezávislý analytický software a generování analytických zpráv jedním kliknutím.
Kompatibilita: Kompatibilita produktu, přizpůsobení se mainstreamovým platformám ILM a MGI/ONT.
Specifikace produktu
| Kód produktu | Název produktu | Detekční platforma | specifikace |
| HWTS-NGS-T001 | Mycobacterium psaní a detekce rezistence na léčivo (metoda multiplexní amplifikace) | Ont 、 Illumina 、 MGI 、 SALUS PRO | 16/96rxn |
Čas příspěvku: leden-23-2024