Nedávná studie publikovaná v roceMikrobiomprovedli virovou metagenomickou analýzu 846 volně žijících malých savců – včetně netopýrů, hlodavců a rejsků – odebraných v Sieře Leone v západní Africe. Studie identifikovala celkem 39 RNA virů asociovaných se savci, včetně 26 nových a 13 dříve známých virů. Mezi nimi vykazovala nejvyšší rozmanitost čeleď Paramyxoviridae, zatímco hlodavci obsahovali největší počet virových druhů (n = 26).
Hodnocení zoonotických rizik odhalilo tři známé zoonotické viry – virus encefalomyokarditidy, virus Lassa a Rocahepevirus sp. – a také tři viry s potenciálním rizikem přenosu: virus Melian, virus hepatitidy hlodavců a Hunnivirus A. Z nově identifikovaných virů vykazoval Batledantevirus 2 nejbližší fylogenetický vztah k viru Le Dantec, který infikuje člověka. Sérologická analýza dále detekovala neutralizační protilátky proti tomuto viru u 2,8 % místních obyvatel, což naznačuje předchozí, pravděpodobně nezjištěnou, expozici člověka.
Tato zjištění zdůrazňují přítomnost významného virového rezervoáru v západní Africe, v němž dominují hlodavci, a podtrhují zásadní význam integrovaných strategií sledování na rozhraní člověk-zvíře. Kombinace metagenomického screeningu se sérologickou validací poskytuje robustní rámec pro identifikaci virů se zoonotickým a spillover potenciálem.
Během posledního desetiletí více než 60 % nově vznikajících infekčních onemocnění u lidí pochází ze zvířecích rezervoárů, přičemž netopýři, hlodavci a rejsci jsou považováni za klíčové hostitele zoonotických virů. Afrika je všeobecně považována za ohnisko zoonóz. Například Sierra Leone hlásila během epidemie eboly v letech 2014–2016 více než 28 000 případů.
Navzdory značné zátěži zoonóz v tomto regionu zůstává rozmanitost a distribuce virů u volně žijících malých savců nedostatečně charakterizována. Aby se tato mezera vyřešila, provedli vědci systematickou analýzu viromů 846 volně žijících malých savců odchycených na třech lokalitách v Sierra Leone v letech 2018 až 2023. Studie si kladla za cíl charakterizovat virovou rozmanitost, identifikovat kandidáty s potenciálem mezidruhového přenosu, posoudit riziko zoonóz a shromáždit důkazy na podporu systémů včasného varování před nově vznikajícími infekčními onemocněními.
Základní metody
Studie aplikovala komplexní pracovní postup virové metagenomiky:
- Zpracování vzorku:Tkáně srdce, jater, sleziny, plic a ledvin byly odebrány, sloučeny, homogenizovány a podrobeny extrakci celkové RNA.
- Sekvencování a sestavování:Před konstrukcí knihovny byla provedena deplece ribozomální RNA, po níž následovalo vysokokapacitní sekvenování s využitím platformy Illumina NovaSeq 6000. Virové kontigy byly sestaveny de novo.
- Identifikace viru:Viry byly identifikovány na základě zarovnání genů RNA-dependentní RNA polymerázy (RdRp). Byly zachovány pouze viry asociované s obratlovci, s vyloučením bakteriálních, plísňových a rostlinných virů.
- Bioinformatická analýza:Byla provedena fylogenetická rekonstrukce, rekombinační analýza, modelování mezidruhové přenosové sítě a posouzení rizika zoonóz.
- Sérologická validace:Pro Batledantevirus 2 byl vyvinut pseudovirový neutralizační test založený na VSV. Neutralizační protilátky byly detekovány ve 2,8 % lidských sér, což svědčí o možném zoonotickém přenosu.
StudieVýsledky
1. Objevování a diverzita virů
Tato studie provedla transkriptomickou sekvenční analýzu 846 divokých zvířat odebraných v Sierra Leone, včetně hlodavců, netopýrů a rejsků. Na základě kompletních genových sekvencí RNA-dependentní RNA polymerázy (RdRp) bylo identifikováno celkem 39 RNA virů asociovaných se savci, včetně 13 dříve známých virů a 26 nových virů.
Pokud jde o virové složení, čeleď Paramyxoviridae vykazovala nejvyšší úroveň diverzity napříč všemi třemi řády hostitelů, následovaná Astroviridae a Picornaviridae. Pokud jde o distribuci hostitelů, hlodavci přispěli největší virovou diverzitou a celkem obsahovali 26 druhů virů, což naznačuje jejich významnou roli jako rezervoárů virové diverzity v regionu.
2. Riziko zoonozy
Hodnocení rizika zoonotik identifikovalo tři známé zoonotické viry: virus encefalomyokarditidy, virus Lassa a druhy Rocahepevirus. Kromě toho byly tři viry – virus Melian, virus hepatitidy hlodavců a Hunnivirus A – identifikovány jako viry s potenciálním rizikem šíření.
Z 26 nově objevených virů byl u čtyř na základě fylogenetických a genomických charakteristik předpovězen vysoký zoonotický potenciál. Zejména Batledantevirus 2 vykazoval nejbližší fylogenetickou příbuznost se známým virem Le Dantec, který infikuje člověka.
Následné sérologické vyšetření toto zjištění dále podpořilo, jelikož neutralizační protilátky proti Batledanteviru 2 byly detekovány ve 2,8 % sér od místních obyvatel. Tento výsledek naznačuje, že v lidské populaci již mohlo dojít k nerozpoznaným nebo asymptomatickým infekcím, což zdůrazňuje potenciální, ale dříve nezjištěnou cestu zoonózního přenosu.
3. Dynamika mezidruhového přenosu
Analýza mezidruhového přenosu ukázala, že hlodavci zaujímají ústřední postavení v síti sdílení virů a fungují jako klíčové uzly, které usnadňují virovou výměnu mezi hostitelskými druhy. Celkem bylo identifikováno 15 virů s potenciálem pro mezidruhový přenos.
Další analýza vzorců přenosu mezi řády ukázala, že sdílení virů docházelo častěji mezi hostiteli v rámci stejného taxonomického řádu, což naznačuje, že příbuznost hostitele hraje důležitou roli v dynamice přenosu. Naproti tomu netopýři vykazovali relativně nižší kapacitu pro přenos mezi řády.
Důležité je, že u některých virů byly pozorovány důkazy o rozšíření hostitelského spektra. Například virus Melian, který byl dříve považován za specifický pro rejsky, byl v této studii detekován také u hlodavců, což naznačuje potenciální posun v adaptabilitě hostitele a zvýšené riziko širšího přenosu.
Závěry a důsledky pro veřejné zdraví
- Vysoká diverzita viromu u volně žijících malých savců:Objev 39 RNA virů, včetně 26 nových druhů, odhaluje velký rezervoár virů v regionu a poprvé popisuje nové viry s vysokým zoonotickým potenciálem (např. Batledantevirus 2).
- Hlodavci jako prioritní cíle dohledu:Hlodavci fungují jako klíčová centra přenosu virů a jsou nositeli nejvyšší virové rozmanitosti, což představuje největší riziko šíření.
- Potřeba integrovaných strategií dohledu:Zjištění podporují upřednostňování hlodavců v programech aktivního sledování a implementaci integrovaných přístupů kombinujících metagenomiku, sérologii a ekologický monitoring na rozhraní člověka a divoké zvěře.
Celkově tato studie poskytuje zásadní důkazy na podporu systémů včasného varování a rámců pro hodnocení rizik nově vznikajících zoonóz a posiluje důležitost proaktivního dohledu ve vysoce rizikových oblastech.
Informace o produktu
Čas zveřejnění: 23. března 2026