Nedávná metagenomická studie odhalila pozoruhodně rozmanité spektrum virů a bakterií přenášených hlodavci v provincii Chej-lung-ťiang, včetně viru Lassa, viru Amur, Salmonely a Yersinia pestis.
Výzkum využilSouprava pro obohacení patogenní RNA od Macro & Micro-Test, založené na technologii zachycení sond. Selektivním odstraněním hostitelské rRNA a dalších konzervovaných fragmentů hostitele tato metoda účinně zachovala mikrobiální RNA, čímž významně zlepšila citlivost detekce patogenů. Tento krok obohacení patogenní RNA byl klíčový pro dosažení vysoké míry detekce a poskytl silnou technickou podporu pro sledování patogenů.
Hlodavci: klíčoví rezervoári zoonotických onemocnění
Hlodavci jsou druhově nejbohatší a nejrozšířenější skupinou savců, zahrnují více než 2 000 druhů po celém světě a tvoří více než 40 % všech druhů savců.
Kromě svého ekologického významu slouží hlodavci jako hlavní rezervoáry a přenašeči řady zoonotických patogenů.Protože se biotopy hlodavců často překrývají s lidským prostředím – prostřednictvím přímého kousnutí, kontaktu s výkaly nebo nepřímého přenosu blechami a roztoči – představují patogeny, které ukrývají, trvalou hrozbu pro veřejné zdraví.
Je pozoruhodné, že více než 70 % nově vznikajících infekčních onemocnění pochází z volně žijících živočichů, přičemž hlodavci představují jeden z nejvýznamnějších rezervoárů viru.
Pohraniční oblast Chej-lung-ťiang: Přední linie pro sledování patogenů
Chej-lung-ťiang, pohraniční provincie v severovýchodní Číně, disponuje bohatými ekologickými zdroji a sdílí hranice s několika zeměmi. Kombinace bohaté biodiverzity a častého přeshraničního pohybu obyvatelstva vytváří příznivé podmínky pro přenos patogenů.
Mezi červnem a červencem 2021 vědci shromáždili 67 divokých hlodavců z města Hengdaohezi v okrese Mudanjiang. Mezi vzorky patřily:
l 20Apodemus peninsulae
l 47Myodes rufocanus
Všechny exempláře byly odchyceny v obytných oblastech a okolních zemědělských pozemcích, což zdůrazňuje těsné propojení mezi lidskými sídly a stanovišti divoké zvěře.
Technologie obohacení patogenů: Překonání rušení pozadím hostitele
V metagenomickém sekvenování obvykle dominuje hostitelská RNA v sekvenčních čtech a maskuje signály patogenů s nízkou hojností.
Pro řešení této výzvy studie použilaSouprava pro detekci metagenomických patogenů od společnosti Macro & Micro-Test. Pomocí technologie zachycení sond se speciálně navržené sondy vážou na hostitelskou rRNA a konzervované sekvence, což umožňuje jejich depleci a tím obohacuje mikrobiální RNA.
Tento přístup podstatně zlepšil citlivost detekce patogenů, což umožnilo následným sekvenováním získat vyšší podíl čtených patogenů. Krok obohacení položil pevný základ pro přesnou charakterizaci spektra patogenů přenášených hlodavci.
Po obohacení byly vzorky RNA podrobeny reverzní transkripci, konstrukci knihovny a vysoce výkonnému sekvenování. Bioinformatická analýza zahrnovala:
Filtrování hostitelského genomu
Taxonomická klasifikace pomocí Kraken2
Korekce hojnosti pomocí Brackena
Tento pracovní postup vytvořil komplexní profil virových a bakteriálních společenstev.
Výsledky výzkumu: Kocirkulace více virů a bakterií
Virové nálezy
Detekované viry patřily do 21 virových rodin, včetněArenaviridyaHantaviridae.
Přesde novoSestavením pomocí programu Megahit bylo generováno 154 virových kontigů, z nichž 110 odpovídalo 19 virům z osmi rodin.
In Apodemus peninsulae, byly identifikovány následující viry:
l Arenaviry: virus Lassa, virus Wenzhou, virus Gairo
l Hantaviry: virus Amur, virus Puumala
In Myodes rufocanusByly detekovány arterivirus krysy a virus Amur.
Mezi tyto patogeny patří:
Virus Lassa je původcem virové hemoragické horečky, přičemž úmrtnost dosahuje přibližně 20 %.
Virus Amur je jedním z patogenů zodpovědných za hemoragickou horečku s renálním syndromem (HFRS). Čína hlásí nejvyšší celosvětovou zátěž hantavirových infekcí.
Bakteriální nálezy
Celkem bylo anotováno 1 051 bakteriálních rodů.
Nejpočetnějšími rody byly:
lSalmonela(26–31 %)
lYersinie(11–23 %)
Salmonelaje významný patogen přenášený potravinami, který je každoročně zodpovědný za odhadovaných 9 milionů případů tyfu a přibližně 110 000 úmrtí na celém světě.
Yersinia pestis, původce moru, byl zodpovědný za tři historické pandemie. Provincie Chej-lung-ťiang je uznávána jako jedno z přírodních ohnisek moru v Číně a zůstává prioritní oblastí pro sledování morem.
Význam studie
Vědecké příspěvky
Tato studie představuje první zprávu o fragmentech viru Lassa a viru arteritidy potkanů u hlodavců z provincie Chej-lung-ťiang, čímž rozšiřuje čínskou databázi patogenů přenášených hlodavci.
Systematicky charakterizuje virové a bakteriální společenstva v místních populacích hlodavců a poskytuje základní data pro sledování zoonóz v pohraničních oblastech.
Důsledky pro veřejné zdraví
Zjištění zdůrazňují potřebu neustálého sledování a screeningu patogenůA. peninsulaeaM. rufocanus.
Data poskytují vědecké důkazy podporující strategie kontroly zdrojů u nemocí, jako je mor a hemoragická horečka s renálním syndromem.
Metodologické silné stránky
Metagenomické sekvenování umožňuje objektivní detekci známých i nových patogenů.
V této studii prokázala technologie obohacení patogenů od společnosti Macro & Micro-Test silný výkon a efektivně zlepšila detekci cílových patogenů ve složitých biologických vzorcích. Výsledky potvrzují její schopnost podporovat vysoce citlivou identifikaci patogenů při sledování volně žijících živočichů.
Doporučení produktu
Na základě úspěšného použití v této studii je sada pro obohacení patogenní RNA Macro & Micro-Test vysoce doporučována pro výzkum metagenomického dohledu.
Efektivním odstraňováním nukleových kyselin hostitele a obohacováním mikrobiálních sekvencí souprava významně zlepšuje citlivost detekce a kvalitu dat. Představuje základní nástroj pro přesné odhalování patogenů ve složitých vzorcích a poskytuje robustní technickou podporu pro dohled nad veřejným zdravím, hodnocení rizika zoonóz a připravenost na ohniska nákazy.
Contact to learn more: marketing@mmtest.com
Čas zveřejnění: 2. března 2026